شرکت ها و موسسات دانش بنیان شرکت یا موسسه خصوصی یا تعاونی است که به منظور هم افزایی علم و ثروت ، توسعه اقتصاد دانش محور ، تحقق اهداف علمی و اقتصادی که شامل گسترش و کاربرد اختراع و نوآوری هستند و همین طور تجاری سازی نتایج تحقیق و توسعه شامل طراحی و تولید کالا و خدمات در حوزه فناوری های برتر و با ارزش افزوده فراوان به ویژه در تولید نرم افزارهای مربوط تشکیل می شود.
این دسته از شرکت ها اهداف متعددی نظیر تجاری سازی یافته های علمی ، ایجاد زمینه برای به کارگیری بنیه علمی دانشگاه ها و واحدهای پژوهشی و اعضای هیئت علمی دانشگاه ها در سطح جامعه ، تحول در دست یافته های اجتماعی با حضور شخصیت های علمی در این عرصه و همچنین ترغیب جامعه دانشگاهی و شخصیت های علمی برای شرکت در فعالیت در جهت رفع نیاز جامعه و امکان ایجاد و افزایش درآمد برای شخصیت های علمی و اعضای محترم هیات علمی دانشگاه ها را دنبال می کنند.
شرکت های دانش بنیان  خود به دو گروه تقسیم می شوند :
1- شرکت هایی که فقط اعضای هیات علمی مالک آن هستند.
در صورتی که سهام دانشگاه کمتر از 50 درصد باشد ، شرکت دانش بنیان شرکتی خصوصی است که باید تابع قانون تجارت باشد و در اداره ثبت شرکت ها ثبت شود.
2- شرکت هایی که دانشگاه ها نیز در آن مالکیت دارند.
در صورتی که سهام ئانشگاه 50 درصد یا بیشتر باشد ، شرکت دانش بنیان شرکتی دولتی است.

زمینه فعالیت شرکت های دانش بنیان
– انجام پژوهش های کاربردی و توسعه ای
– انجام خدمات ورود کارها به بازار بین الملل و خدمات جهانی کردن آن ها
– انجام خدمات توسعه فن آوری
– تولید محصولات با فن آوری نوین ( توسعه فن آوری )
– ارائه خدمات تخصصی و مشاوره ای

شرایط شرکت‌های دانش بنیان
مطابق دستورالعمل اداره مالکیت حداقل 2/3 از اعضای مدیریت شرکت های دانش بنیان می بایستی حداقل 2 مورد از شرایط زیر را احراز کنند:
1. حداقل دارای مدرک کارشناسی باشند.
2. حداقل 3 سال سابقه فعالیت کاری یا علمی در حوزه فعالیت شرکت یا سابقه مدیریت داشته باشد.
3. دارای حداقل یک اختراع ثبت شده ارزیابی شده داخلی یا یک اختراع بین المللی مرتبط با حوزه مربوط با شرکت باشد.
نیز حداقل نیمی از درآمد شرکت در یکسال فعالیت شرکت ناشی از فروش فناوری کالا و یا خدمات دانش بنیان از طریق قرارداد بوده و شرکتهایی که در تولید پایلوت موفق باشند و استانداردهای لازم را از مراجع ذی صلاح داخلی یا بین المللی کسب کرده باشند و دارای بازار مطمئن و یا اعلام نیاز معتبر همراه با قرارداد تولید کالا باشند از این شرط مستثنی خواهند بود.
همچنین سابقه بیمه پرداختی برای حداقل 3 نفر از کارکنان تمام وقت شرکت حداقل 6 ماه باشد و پرونده شرکتهایی که در عمل به تعهدات خود دارای سابقه سوء هستند نمی توانند از تسهیلات شرکت های دانش بنیان استفاده نمایند.

شرایط اختصاصی شرکت های دانش بنیان نوپا
1. حداقل یکسال از تاریخ ثبت شرکت گذشته باشد
2. حداقل 2/3 اعضای هیئت مدیره شرکت ها دارای 2 شرط از 3 شرط اشاره شده در قسمت فوق باشند.
3. شرکت دارای معادل 2 نفر نیروی انسانی تمام وقت باشد.
4. تولید کننده کالاهای دانش بنیان مطابق فهرست کالاهای دانش بنیان مصوب کارگروه ارزیابی و تشخیص صلاحیت شرکت های دانش بنیان باشند.
5. دارای عملکرد تحقیق و توسعه باشد و شرکتهای نوپا و شرکت هایی که از ثبت آنها کمتر از 5 سال گذشته نیاز به محصول آزمایشگاهی و پایلوت دارد و اگر بیش از 5 سال باشد لازم است محصول به تولید رسیده و جهت ثبت محصول نیاز به اظهار نامه مالیاتی است که بیش از 50 درصد درآمد مربوط به تولید کالای دانش بنیان باشد و مدارک فروش محصول را ارائه و 3 نفر پرسنل بیمه شده داشته باشند.

مدارک مورد نیاز جهت ثبت شرکت دانش بنیان
1- رزومه یا کاتالوگ شرکت
2- آخرین اظهارنامه مالیاتی ارسال شده به سازمان امور مالیاتی کشور
3- تصویر اساسنامه شرکت
4- تصویر آگهی روزنامه رسمی شرکت
5- تصویر اظهارنامه یا شرکتنامه شرکت دانش بنیان
6- تصویر شناسنامه و کارت ملی اعضاء هیات مدیره شرکت
7- تصوبر مدارک تحصیلی اعضا و موسسین
8- آخرین لیست بیمه شرکت و خلاصه وضعیت حقوق دستمزد و مزایا
9- مجوزهای شرکت ( مجوز تاسیس ، پروانه بهره برداری )

مراحل ثبت شرکت دانش بنیان
جهت ثبت شرکت دانش بنیان طی مراحل ذیل الزامی است :
1. ثبت شرکت با موسسه حقوقی یا تعاونی
بدین منظور متقاضیان می بایست ابتدا به صورت حقوقی شرکت یا موسسه ای را در اداره ثبت شرکت ها به ثبت برسانند و بعد از اخذ شناسه ملی شرکت نسبت به ثبت نام شرکت در سامانه شرکت های دانش بنیان جهت ارزیابی اقدام نمایند. لازم به توضیح است متقاضیان می توانند با مراجعه به سامانه شناسه ملی اشخاص حقوقی کشور به نشانی  و با جستجوی نام شرکت یا موسسه ، شناسه ملی اشخاص حقوقی را دریافت و در سامانه وارد نمایند.
2. مراجعه به سامانه  
پس از مراجعه به سامانه دانش بنیان، نسبت به تکمیل اطلاعات و بارگذاری مدارک خواسته شده در سایت اقدام نمایید.
3. معرفی شرکت دانش بنیان به صندوق نوآوری و شکوفایی
پس از ثبت درخواست در سامانه ، اطلاعات وارد شده توسط دبیرخانه کارگروه به کارگزاران مربوطه فرستاده می شود تا مورد ارزیابی قرار گیرند . شایان ذکر است، شركت‌های متقاضی باید علاوه بر كسب شرایط ذكر شده در شاخص‌های عمومی (شامل كسب حداقل درآمد ذكر شده ناشی از فروش فناوری، كالا /خدمات دانش‌بنیان ، نیروی انسانی و سابقه بیمه كاركنان)، كلیه شرایط مشخص‌ شده در شاخص‌های اختصاصی آیین‌نامه تشخیص شرکت ها و موسسات دانش بنیان، را نیز احراز نمایند.
پس از بررسی اطلاعات، در صورت تایید، شرکت دانش بنیان به صندوق نوآوری و شکوفایی معرفی می شوند تا طرح خود را به آن صندوق ارائه نموده و از تسهیلات مربوطه با توجه به اساسنامه صندوق استفاده نمایند.برخی از این تسهیلات عبارت است از ارائه وام و تسهیلات قرض الحسنه و وام کم بهره دانش بنیان
نکته : با توجه به لزوم حمایت از شرکت های دانش بنیان، همه هزینه های ارزیابی شرکت های دانش بنیان از سوی معاونت علمی و فناوری ریاست جمهوری تامین می شود و شرکت های متقاضی هیچ هزینه ای را به کارگزاران ارزیابی پرداخت نمی کنند.
4. تکمیل پرسشنامه از طریق سایت صندوق نوآوری و شکوفایی
پس از دریافت نامه از طرف صندوق ، می بایست از طریق سایت صندوق نوآوری و شکوفایی، نسبت به تکمیل پرسشنامه ها در بخش ” خدمات صندوق به شرکت های دانش بنیان”  اقدام نمایید.